Yayasan Epistema maupun Epistema Institute berdiri atas gagasan anggota-anggota Perkumpulan untuk Pembaharuan Hukum berbasis Masyarakat dan Ekologis (HuMa). Lembaga ini adalah pengembangan dari Learning Centre HuMa, sebuah unit kerja semi-otonom dalam Perkumpulan HuMa yang dibentuk untuk mendorong pembelajaran berbagai aliran pemikiran tentang hukum dan masyarakat. Pembelajaran ini bertujuan untuk mendukung gerakan pembaruan hukum yang berbasis masyarakat, kelestarian ekosistem, nilai-nilai kemanusiaan yang adil dan keberagaman budaya.

Pada mulanya, Learning Centre HuMa perluasan salah satu program kerja HuMa yakni Program Pengembangan Pemikiran Kritis tentang Hukum (Program 2).

Rapat umum anggota dan perencanaan strategis HuMa tahun 2007 di Kaliurang Jogjakarta telah mengkristalkan gagasan untuk mentransformasikan kegiatan-kegiatan pada Program 2 ke dalam bentuk lingkar-lingkar belajar hukum, masyarakat dan lingkungan di beberapa daerah. Lingkar belajar inilah yang menjadi cikal bakal pembentukan Learning Centre HuMa.

Pada tahun 2009, Rapat Umum Anggota HuMa menyepakati Learning Centre ini sebagai organisasi mandiri yang terpisah dengan HuMa (Ketetapan Rapat Umum Anggota HuMa No. VIII/RUA/2009). Organisasi dimaksud inilah yang dinamakan Yayasan Epistema.